Specijalne knjižnice na području Istarske županije koje aktivno djeluju u sastavu ustanova i instituta jesu knjižnica u Državnom arhivu u Pazinu, muzejske knjižnice u Arheološkom muzeju Istre u Puli, Muzeju Grada Rovinja, Narodnom muzeju u Labinu, Zavičajnom muzeju Poreštine u Poreču te knjižnica u Centru za povijesna istraživanja Talijanske unije u Rovinju.
U specijalne knjižnice ubrajaju se i posebno vrijedne spomeničke zbirke koje pohranjuju rukopise, inkunabule i drugu staru i rijetku građu. Takve se zbirke čuvaju u Franjevačkom samostanu u Puli, Franjevačkom samostanu u Rovinju i Franjevačkom samostanu u Pazinu te knjižnične zbirke u arhivu Biskupskog ordinarijata Porečke i pulske biskupije sa sjedištem u Poreču.
Ustanove koje za potrebe svoje djelatnosti stvaraju i posjeduju knjižnične zbirke, no knjižnična djelatnost nije ustrojena sukladno Zakonu o knjižnicama i knjižničnoj djelatnosti jesu zbirke u Povijesnom i pomorskom muzeju Istre u Puli, Etnografskom muzeju Istre u Pazinu, Muzeju grada Umaga, Muzeju grada Pazina, Muzeju Lapidarium u Novigradu, Zavičajnom muzeju u Buzetu i Nacionalnom parku Brijuni/ Pododsjek za zaštitu kulturnih dobara, u Institutu za poljoprivredu i turizam u Poreču, Bolnici Dr. Martin Horvat u Rovinju, Zavodu za javno zdravstvo Istarske županije u Puli, dvije udruge – Udruzi slijepih Istre u Puli, te Društvu osoba s tjelesnim invaliditetom Istre u Puli, pa Župnom uredu u Vodnjanu i Visokoj teološkoj školi Redemptoris mater u Puli.
Više informacija o fondovima specijalnih knjižnica, posebno spomeničkih zbirki, dostupno je u objavljenom vodiču Knjižnice istarske županije (ur. Bruno Dobrić, Pula, 2010.).
Popis aktivnih specijalnih knjižnica s općim podacima i poveznicom na službene mrežne stranice pogledajte ovdje.